Kể từ năm 2000 đến nay, quan hệ kinh tế giữa Việt Nam và Mông Cổ khởi sắc và phát triển mạnh mẽ nhất so với các giai đoạn trước. Thương mại giữa hai nước tăng nhanh trong thời điểm năm 2008-2010, trong khi đó đầu tư giữa hai nước tăng vọt trong thời điểm năm 2006-2007. Tuy nhiên, thương mại đầu tư giữa Việt Nam và Mông Cổ tăng mạnh nhưng không ổn định, Việt Nam thường xuất siêu và đầu tư cũng chủ yếu là đầu tư từ Việt Nam vào Mông Cổ. Hai nước cần tận dụng các thế mạnh và khắc phục những khó khăn để tiếp tục đẩy mạnh quan hệ hợp tác kinh tế đầy tiềm năng này trong thời gian tới.